有機肥所含養分不是萬能的
有機肥料所含養分種類較多，與養分單一的化肥相比是優點，但是它所含養分并不平衡，不能滿足作物高産優質的需要。有機肥肥效持久，養分釋放緩慢，一般作為基肥施用。深耕時，施用有機肥利于土肥融合，促進土壤團粒結構的形成，可以有效改善土壤理化性質，增加土壤透氣性。
有機肥分解較慢，肥效較遲
有機肥雖然營養元素含量全，但含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥用量不是很大的情況下，很難滿足農作物對營養元素的需要。而無機肥一般含量相對單一，易分解和被作物吸收，但後勁不足。因此，有機肥和無機肥要相互補充才能相得益彰。
有機肥需經過發酵處理
許多有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥料中有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過堆漚發酵、加工處理後才能施用，生糞不能下地。
有機肥無論基施和沖施，最好配合生物肥施用
生物肥中的生物菌能加速有機肥中有機質的分解，使其更有利于作物吸收，同時能将有機肥中的一些有害物質分解轉化，避免其對作物造成傷害。一般在基施有機肥時，可每畝配合施用生物肥150-200kg，作追施時，每畝可施入20-25kg。