1）生物有機肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥隻含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤後容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤環境。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥隻含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤後容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤環境。