随着農業生産的發展，作物對土壤肥力的要求越來越高，生物肥料因為其含有大量有益微生物，有改善作物營養條件、固定氮素和活化土壤營養元素，創造良好的土壤微生态環境，促進作物健康生長的作用，而受到越來越多的農民的歡迎。但看起來高大上的微生物肥料，很多農民朋友還是存在很多認識和使用上的誤區。
誤區一：菌劑和菌肥是一樣的。事實上，按照農業部頒布的有關标志，微生物肥料包含複合微生物肥料和生物有機肥，複合微生物肥料是有益微生物與營養物質複合而成的活菌制品；生物有機肥是有益微生物與經無害化處理的畜禽糞便、農作物稭稈等有機物料，複合而成的活菌制品。所以說菌劑和菌肥是一樣的，其最大的區别在于産品中營養物質及有機物料的含量不同，農民朋友應該根據實際需求選購和使用。
誤區二：菌肥菌數越多越好。事實上，微生物肥料的效果會受到不同菌種生長習性的影響，多種不同菌不合理的擅自複合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。還有，不但要看菌數量，還要看有效活菌的數量，因為畢竟在田間起作用的隻有活菌。另外，非常非常重要的是菌的純度，當産品中黴菌雜菌數、雜菌率超标時，産品效果一定不會太好。至于無良商販生産銷售的少數不合格産品中甚至會含有緻病菌，購買和使用這樣的産品，不但沒有好的效果，反而可能會因為緻病菌繁殖，導緻病害發生。
誤區三：菌肥施用一年就夠了。好的微生物肥料施入土壤後，微生物在适當的環境中大量繁殖，甚至會成為土壤優勢菌群，對改善土壤生物肥力有比較長久的作用。但是随着外部環境的改變，如化肥的超量使用、殺菌劑的使用、高溫悶棚等都會導緻有益菌死亡。要繼續保持土壤中有益菌群的優勢地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。
誤區四：微生物肥料可以替代化肥。土壤肥力分為物理肥力、化學肥力和生物肥力。使用微生物肥料後可以提高土壤的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力。農民朋友必須明白，微生物肥料有很多很好的作用，但使用微生物肥料不能完全替代化肥，最多可以減少部分化肥的投入。