1.選用質量合格的微生物肥料。質量低下、有效活菌數達不到規定指标、雜菌含量高或已過有效期的産品不能施用。
2.施用時盡量減少肥料中微生物的死亡。應避免陽光直射菌肥，拌種時應在陰涼處操作，拌種後要及時播種，并立即覆土。一般菌肥不可與有害農藥、化肥混合施用。
3.創造适宜的土壤環境。在酸性土壤上施用應中和土壤酸度後再施。土壤過分幹燥時，應及時灌澆。大雨過後要及時排除田間積水，提高土壤的通透性。
4.因地制宜推廣應用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料應在豆科作物上廣泛施用，解磷、解鉀類微生物肥料應施用于養分潛力較高的土壤。
5.避免開袋後長期不用。開袋後長期不用，其他細菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群發生改變，影響其使用效果。
6.避免在高溫幹旱條件下使用。微生物肥料中的微生物在高溫幹旱條件下，生存和繁殖就會受到影響，不能發揮良好的作用。因此，應選擇陰天或晴天的傍晚施用，并結合蓋土、蓋糞、澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。
7.避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響微生物肥料的發揮。